发展微生物肥料产业是国家可持续农业、生态农业发展的关键环节；目前，我国微生物肥料的应用范围基本涵盖了粮食、油料、蔬菜、糖麻、浆果、果树、中草药、烟草、茶叶、林木、牧草等各种类型作物，在节肥增效、松空土壤、增温保水、抑病抗逆、阻控药害、改善农产品品质等方面效果突显。微生物肥料产品弥补了传统型肥料（如化肥、农家肥）的短板，已成为无公害食品、绿色食品、有机食品、生产及改善土壤环境恶化的优质肥源，而且必将成为我国可持续农业发展的保障性肥料。近年来，微生物肥料的独特效果引起了业界的高度关注，也开始备受广大农业生产者青睐。

国家支持微生物肥料发展，在政策与项目资金方面支持力度稳步加大，尤其是重点鼓励进行微生物肥料在“土壤调理”方面的技术研发。生物产业是我国七大战略性新兴产业之一，生物肥料部分则是生物产业的重要部分。2012年12月国务院发布的《生物产业发展规划》中，将微生物肥料列为高新技术产业和战略性新兴产业，并明确了微生物肥料是生物产业的主要产品之一；并将微生物肥料肥料纳入 “农用生物制品发展行动计划”，明确提出要加快突破 “保水抗旱、荒漠化修复、磷钾活化、抗病促生、生物固氮、秸秆快速腐熟、残留除草剂降解及土壤调理”等生物肥料的规模化和标准化生产技术瓶颈，提升产业水平。

2009年6月国务院发布《促进生物产业加快发展的若干政策》，提出把生物肥料列为生物农业领域重点发展的产业，该文件明确：加快将包括生物肥料在内的生物产业培育成为高技术领域的支柱产业和战略性新兴产业；并确认了生物肥料是绿色农用生物制品的重要产品，从财税政策、融资渠道、市场环境、生物安全、人才建设、创新平台等方面给予政策支持。

2012年12月国务院发布的《生物产业发展规划》发布后，相关推动政策有：原农业部2015年指定的《到2020年化肥使用量零增长行动方案》、《到2020年农药使用量零增长行动方案》；原农业部2017年制定的《开展果菜茶有机肥替代化肥行动方案》。今后，微生物肥料的开发应用必将为传统农业的转型和发展，为我国提升耕地质量、节肥减药、改善农产品品质、保护生态环境提供不可替代的物质保障。