1、微生物肥料与化肥或腐熟的有机肥料混用时切记现施现混，切不可过早混拌。

2、使用微生物肥料时应当时拆封当时用完。

3、微生物肥料应在阴凉、干燥、避光、通风的库房中贮存，在运输中应防雨、防潮、防晒、防破损、避免长时间高温。

4、避免在高温、干旱、低于5℃的环境条件下施用微生物肥料。

5、微生物肥料不宜与水分含量高、过酸或过碱、颗粒强度不够的化肥及未经充分腐熟的有机肥料同时混用。

6、微生物肥料可以和相同剂型的并经过充分稀释后的的杀虫类农药制剂（原药、强酸制剂、碱性制剂、除草剂除外）同时混用，但混用前必需做小面积田间试验。

7、某些新型微生物肥料可以和某些相同剂型并经过充分稀释后的杀菌类农药制剂（原药、碱性与强酸制剂除外）同时混用，但混用前应先向制造商咨询并必需做小面积田间试验。

8、施用作物应在制造商获得的农业农村部微生物肥料登记证中批准的适用作物范围内涵盖本作物。

9、未获得国家农业农村部批准登记的微生物肥料产品，不能进入市场流通。