1、竞争作用 

微生物之间的竞争主要包括营养源的争夺，空间位点和氧气的竞争。在植物病害方面主要是营养物质和空间位点的竞争，当微生物作为抗病物质优先占据病原菌入侵位点后，不但可以分泌抗菌物质阻止病原菌侵入，同时还能有效地与病原菌进行营养、水分和氧气等方面的竞争，在土壤中建立起强大的有益微生物菌群，进而起到防控植物病害的作用。枯草芽孢杆菌、细黄链霉菌等有益菌株主要是通过空间位点的竞争来抑制土壤病原菌的生长，同时通过营养的竞争来抑制土传病害的发生。

2、拮抗作用 

利用有益微生物的代谢产物来抑制病原微生物的生命活动或直接杀死病原微生物是最基本的生防途径。抗生与拮抗现象在微生物类群中普遍存在，有益菌产生的拮抗物质主要包括：抗生素或细菌素类、抗菌肽类、蛋白类和酶类抑菌物质（几丁质酶、溶菌酶或蛋白酶）；具有抗菌作用的活性物质如有机酸、氨类、过氧化氢酶等初始代谢途径中的副产品和其它次生代谢产物等。大量实践证明，有益微生物对病原菌的阻控、拮抗作用具有很好生防效果。

3、寄生作用和溶菌作用 

拮抗微生物具有寄生与降解病原菌的能力。拮抗微生物寄生在病原菌上，由病原菌提供营养，病原菌的生命活动就会受到抑制。拮抗微生物产生的次生代谢物对病原菌的细胞壁有溶解作用，致使病菌原生质溶解、菌丝断裂、细胞壁穿孔、畸形、外溢而丧失活力，同时也使病原菌的孢子萌发受到抑制。

4、诱导作物抗性 

拮抗微生物不但能够抑制植物病原菌，还能够诱导植物体内产生有益于增强植物抗病性的生理生化活性物质，从而增强植物的抗病性。

调节作物生长 

土壤中的很多有益微生物可以刺激植物根系、种子和幼苗的生长发育，促进植株健壮，从而增强了作物对某些土传病害的免疫能力。